O Núcleo de Educação e Pesquisa (NEP), vinculado à Direção da Santa Casa, tem como missão apoiar, organizar e fortalecer as atividades de ensino e pesquisa da instituição, com foco nos programas de residência, estágios curriculares e não curriculares e na produção científica, contribuindo para a qualificação profissional e a melhoria contínua da assistência.

O NEP tem como objetivo institucional atuar de forma técnico-científica e educacional, coordenando e apoiando os processos relacionados às residências em saúde, aos estágios de estudantes vinculados a instituições de ensino da região, especialmente do município de Votuporanga, e às atividades de pesquisa científica, em consonância com as diretrizes institucionais e éticas da Santa Casa. Entre suas atribuições, estão o suporte às coordenações de residência e de estágio, a orientação e acompanhamento de projetos de pesquisa, a organização de fluxos institucionais e o apoio aos profissionais, preceptores e pesquisadores, subsidiando a tomada de decisão e promovendo o desenvolvimento científico da instituição.